ヒトゲノムではなく、「UCSC Genome Bioinfomatics」で得たDogの遺伝子配置が正規分布にならなかったので、NIHで探した。
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(1)
http://research.nhgri.nih.gov/dog_genome/
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Canis_familiaris/
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Canis_familiaris/Assembled_chromosomes/
染色体1番=cfa_chr1.agp.gz
ありました。
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展開すると、chr1.agp
抜粋すると、
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# Canis familiaris chromosome 1, whole genome shotgun sequence
#
# This file provides assembly instructions for sequence NC_006583.2
# included in reference assembly of NCBI build 2 (Dog2.0 May 2005).
#
#chrom chr_start chr_stop part_no part_type comp_id/gap_len comp_type/gap_type comp_end/linkage orientation/empty
chr1 1 3000000 1 N 3000000 clone no
..............
から、「chr_start chr_stop 」の2項目の数字を、OpenOffice OpenDocument表計算でCSV形式にする。
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(2)
染色体を変更して、同様にCSV形式のファイルを作成する。
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