2008年6月4日水曜日

遺伝子分布の傾向をみる(1-3) 、データ取得:WhoGA(Rice)

[3]日本:イネの遺伝子 Rice - Oryza sativa GBrowse - Map View Build 04 http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/download.html

染色体上の遺伝子位置のデータを取得する方法を示す。
~~~
(1)
ページ下部の「All annotatied results」で、参照したい染色体を「File」の「gff file」
からダウンロードする。
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(2)
例)染色体1番=PREDICTED_GENESET_CHR01_all.gff になる。
ファイルの先頭を抜粋すると、
:見出しはない。
===
chr1 mRNA gene 2449 8671 . + . gene_id "OSJNOa264G09.1";
......
4項目、5項目目が、遺伝子の開始、終了と思われる。
(3)
対象項目をOpenOffice OpenDocument表計算でCSV形式にする。
~~~
(4)
染色体を変更して、同様にCSV形式のファイルを作成する。

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