2008年6月4日水曜日

遺伝子分布の傾向をみる(1-1) 、データ取得:NIH

[1]米国:有名なNIH Human Genome Resources (ヒトゲノム) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/

染色体上の遺伝子位置のデータを取得する方法を示す。
~~~
(1)
左図の染色体で、参照したいものを選択する。
Browse your Genome Click on the Chromosome to show
~~~
(2)
例)染色体1番の場合、以下のURLとなる。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?ORG=hum&MAPS=ideogr,est,loc&LINKS=ON&VERBOSE=ON&CHR=1
~~~
(3)
ページ下部の「Map 3: Genes On Sequence 」で「Table View」 を選択することで、
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?TAXID=9606&CHR=1&MAPS=ideogr,ugHs,genes[1.00%3A247249719.00]&CMD=TXT#1
~~~
(4)
ページ右上の「Download Data」を選択することで、画面の情報をテキスト形式でダウンロードできる。
~~~
(5)
(3)で、ページ上部の「Chromosome: [ 1 ] 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X Y MT 」で、別の染色体を見る場合は、対象の番号を選択する。
~~~
(6)
取得したテキスト(先頭を抜粋)を示す。
===
Homo sapiens Genome (Build 36.3)
#Chromosome: 1
######################################
#Map: genes
#Region: 1..247,249,719
#start stop Symbol O E Cyto Description
815 19919 LOC653635 - mRNA 1p36.33 similar to CXYorf1-related protein
.....................

から、「#start stop」の2項目の数字を、OpenOffice OpenDocument表計算でCSV形式にする。
~~~
(7)
染色体を変更して、同様にCSV形式のファイルを作成する。

0 件のコメント: