カンブリア紀の大爆発

最近、チェックした本、３冊。

DO図書館：２冊
[1]読み完了：返却
個体発生は進化をくりかえすのか (新装版 岩波科学ライブラリー) 倉谷 滋 (単行本（ソフトカバー） - 2005/7/9)
エボデボ(Evo-Devo)：進化発生学(Evolutionary Developmental Biology)の略。
発生時の反復に関しての考察

進化の過程を反復することの意味：

遺伝子が複数の器官で共用されており、進化の過程での蓄積で、
現時点の機能を実現するために、最短経路でないとしても
過去の進化の機能を前提(土台)としているために、
簡単に消去することができなくなっている。

my self）死に際の走馬灯のように、生まれる際にも、進化の記憶？をトレースする
必要があるような漠然としたイメージを抱いていたが、、、
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ヒトゲノムの解読で、盛り上がったが、タンパク質を生成する(デコードする)遺伝子の数は、
生物種で大きく変化しないことから、ヒトの尊厳が傷つけられた？
DNAを読み出すこと自体は、すばらしい技術であるが、問題は読み出した塩基の扱い。
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[2]：読み未完了：返却
シマウマの縞 蝶の模様 エボデボ革命が解き明かす生物デザインの起源 ショーン・B・キャロル、渡辺 政隆、 経塚 淳子 (単行本 - 2007/4/24)
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：これを読むには、DNA、発生に関する知識が必要だが、かなりの情報を集大成している。
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遺伝子の数は、生物であまり変わらない？
遺伝子を操作するツールキット遺伝子？　の複雑さ？が生物の複雑さ？

DNAで、ジャンク遺伝子部分(意味不明な部分)の部分が多すぎる。

本書では、ジャンク遺伝子部分を「暗黒領域」、タンパク質生成部分を「可視領域」としている。
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番外）
：「脳で使われている部分は、数％？」と根源的に共通点があるか？TODO）
：サヴァン症候群でもあるように、驚異的な計算能力を駆使できれば、今とは全く異なる社会ができている？
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ジャンク遺伝子部分が、タンパク質を生成する遺伝子を制御する「遺伝子スイッチ」として機能する。
「タンパク質を生成する遺伝子」は、体の各部の機能で、共用されている。
１つの機能に対して、１つの遺伝子があるわけではない。

p.111)
遺伝子から動物を組み立てるにはどうすればよいのか？
p.118)
遺伝子が発現する場所の緯度・経度・標高・深度・国籍を記入した「発生運命地図」を作成。
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以前の案）2007/07-2007/08：中断！環境消失。
DNAは、サイトにアップされているので、実際のDNAから、3Dシミュレーションで、生体を
構成するアルゴリズムをGA/GP等で探索する。
：これは、今回の「遺伝子スイッチ」の機能の大枠を探るに近い？
：当時）少なくとも、初期胚から、原腸陥入までのプロセスにトライしたい。
：当時）「ジュラシック・パーク」を目指そう！
：当時）トライしかかった際に、手始めに利用したソースは以下。
：「C. エレガンス」のシミュレートできそうな気はしたが、、、

セル・シミュレータは、いろいろあったが、
細胞というよりも、形質生成に興味があったので。
：HDDクラッシュで、記憶忘却。GMailにメモの残骸があった。
http://swarm.cs.virginia.edu/cellsim/
Cell Simulator
：ソースはメンテされていない状態で、放置？されている。
濃度勾配を利用した、セルの増殖を3Dでシミュレートしたもの。
定義が、「JBoss Rules」的でした。
http://www.jboss.com/products/rules
セルの生成データの格納先にDBを使っていなかったので、大規模にするには、
Hibernate を組み込もうというところで、中断！
：GA/GPでの探索ロジック検討中ー＞「prime numbers」に興味の対象が変更。

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KI図書館：１冊
[3]：読み未完了：返却
カンブリア爆発の謎 ~チェンジャンモンスターが残した進化の足跡 [知りたい!サイエンス] (知りたい!サイエンス 27) 宇佐見 義之 (単行本（ソフトカバー） - 2008/3/26)
：収斂進化(しゅうれん)：様々に分化したものの、最終的には、類似の形質になる？
：水棲生物は、水という環境に影響を受けて、流線型になる、、、
：生物進化は偶然ではなく必然。地球と環境が同じであれば、同じ形質の生物が進化した？
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生物の先生で、「生物は哲学だ」と言っていた人がいました。
スティーヴン・ジェイ・グールド、は既に亡くなっていることを知りました(2002)。ご冥福。
グルードと、もう一人、リチャード・ドーキンスが有名。
これらも哲学書？、ドーキンスはその傾向が強いような？気がする。
ワンダフル・ライフ―バージェス頁岩と生物... スティーブン・ジェイ グールド、Stephen Jay Gould、 渡辺 政隆 (単行本 - 1993/4)
：前回、読めなかった、、、：未読：TODO)
：落ち着いた状況にないと、頭にすーっと入ってこないです。

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